شورای عالی مهمترین رکن و بالاترین مرجع تصمیم‌گیری انستیتو می‌باشد که رئیس انستیتو بعنوان دبیر این شوراء فعالیت می‌نمایند.

اعضای شورای عالی

1- وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی که رئیس شورا است.
2- رئیس دانشگاه که نایب رئیس شورا است.
3- معاون پژوهشی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی کشور
4- معاون بهداشتی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی کشور
5- یکی از معاونین وزارت صنایع به انتخاب وزیر
6- یکی از معاونین وزارت کشاورزی به انتخاب وزیر
7- یکی از معاونین وزارت جهاد سازندگی به انتخاب وزیر
8- معاونت پژوهشی وزارت فرهنگ و آموزش عالی
9- یکی از معاونین سازمان برنامه و بودجه به انتخاب رئیس سازمان مذکور
10- دو نفر از اشخاص صاحب‌نظر و بصیر در رشته‌های تغذیه و علوم صنایع غذایی که با پیشنهاد رئیس دانشگاه و تصویب وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی بمدت 2 سال به عضویت شورا منصوب و انتخاب مجدد آنان بلامانع است.
11- رئیس انستیتو که سمت دبیر شورای عالی را دارد.